在1960年代的香港，阿飞旭仔（张国荣饰）因母爱缺失自比为“无根鸟”，在情感世界中游刃有余却难寻归属感。他的生活中先后出现了售票员苏丽珍（张曼玉饰）和舞女咪咪（刘嘉玲饰），两人虽给予他暂时的温暖，但未能填补他内心的空缺。为了寻找母亲，旭仔踏上前往南洋的旅程。在这个过程中，曾暗恋苏丽珍且是旭仔旧识的超仔（刘德华饰），在菲律宾意外重逢旭仔，两人的命运再次交织。